گروه بيوتكنولوژي قارچها فعاليت خود را از سال 1385 در مركز تحقيقات بيوتكنولوژي آغاز نمود. تحقيقات در اين گروه چهار محور عمده را دنبال مي كند.
1: ژنوميك عملكردي (Functional genomics ) قارچ رشته اي آسپرژيلوس فوميگاتوس در جهت يافتن اهداف داروئي جديد: در اين قسمت از تكنيك هاي مولكولي و همچنين دستورزي هاي ژنتيكي استفاده مي گردد تا ژنهاي كانديد جديد (Drug target ) كشف و تعيين خصوصيت شوند. استراتژي كلاسيك حذف ژن (Gene knock out ) از طريق نوتركيبي هومولوگ و نيز استراتژيهاي نوين نظير RNAi از ابزار هاي مهم اين بخش از تحقيقات مي باشند. همچنين با استفاده از پروتئينهاي نشانگر نظير GFP تعيين جايگاه پروتئينهاي مورد نظر صورت مي پذيرد. آناليز الگوي پروتئيني سويه هاي جهش يافته (فاقد ژنهاي مورد نظر) از طريق پروتئوميكس نيز در دستور كار اين بخش از تحقيقات قرار دارد.
2: توليد پروتئينهاي نوتركيب در ميزبان هاي قارچي: در اين بخش از تحقيقات، ميزبانهاي قارچي مهم نظير Pichia pastoris و Aspergillus niger مورد توجه مي باشند.  توليد پروتئينهائي با اهميت صنعتي، پزشكي و دامپزشكي در اين نوع ميزبان ها به انجام مي رسد. در عين حال گروه بيوتكنولوژي قارچ بدنبال افزايش ميزان توليد پروتئين هاي نوتركيب در اين ميزبانها با استفاده از دستكاريهاي ژنتيكي است. در اين راستا برخي از ژنهائي كه احتمال فعاليت در مسير ترشحي دارند، شناسائي و با حذف يا بيان بيش از حد آنها در سويه هاي مورد مطالعه، مورد بررسي قرار مي گيرند.
3: اپيدميولوژي مولكولي قارچهاي پاتوژن در ايران: هدف از اين بخش از تحقيقات، شناسائي دقيق گونه هاي پاتوژن نظير كانديدا وهمچنين آسپرژيلوس فوميگاتوس بر اساس تكنيكهاي نوين مولكولي نظير MLST مي‌باشد. اين امر امكان مقايسه سويه هاي ايران را با ديگر سو يه ها در بقيه نقاط جهان مهيا ساخته و همچنين بدست آوردن چنين اطلاعاتي در شناسائي و كنترل اين پاتوژنها نقش مؤثري ايفا مي نمايد.
4:تعيين مكانيسم عملكرد داروهاي ضد قارچ: يكي از زمينه هاي تحقيقاتي گروه بيوتكنولوژي قارچها شناخت مكانيسم عمل داروهاي با فعاليت ضد قارچي است كه مكانيزم عمل آنها ناشناخته مي باشد. در واقع با استفاده از تكنيكهاي مولكولي و بيوشيميائي امكان شناخت مسير متابوليكي كه اين دارو موجب مهار آن شده است وجود دارد. اين قسمت از تحقيقات با همكاري گروه طراحي دارو به انجام مي رسد.